Важным направлением строительства Союзного государства является формирование единого таможенного пространства, обеспечение надежного таможенного контроля на внешних границах Союзного государства и беспрепятственного перемещения по территории Союзного государства товаров и транспортных средств. На протяжении ряда лет осуществляется успешное сотрудничество таможенных ведомств Беларуси и России в рамках созданного отраслевого органа Союзного государства – Таможенного комитета. За эти годы Таможенным комитетом Союза (в дальнейшем Союзного государства) разработан и осуществляется комплекс мер в целях обеспечения единства управления таможенными службами, унификации таможенных законодательств и процедур таможенного оформления, организации надежного таможенного контроля на внешних границах.
29 июня 2007 года в г.Москве стороны подписали межправительственное Соглашение о транзите товаров, перемещаемых между таможенными органами Российской Федерации и таможенными органами Республики Беларусь.
В Таможенном комитете образована Коллегия, заседания которой проходят на регулярной основе. Так в первом полугодии 2008 года состоялось два заседания Коллегии, в ходе которых стороны обсудили и приняли решения по 25 вопросам двустороннего сотрудничества в таможенной сфере.
В рамках деятельности Таможенного комитета Союзного государства реализуются две программы, направленные на создание и развитие таможенной инфраструктуры Союзного государства, финансирование которых осуществляется за счет средств бюджета Союзного государства.
В 2007 году завершена реализация Программы первоочередного развития таможенной инфраструктуры пограничных пунктов таможенного оформления (пунктов пропуска) на территории Республики Беларусь, в результате которой были проведены работы по обустройству 8 международных автодорожных пунктов пропуска (ППТО) на территории Республики Беларусь, что позволило обеспечить соответствие их международным стандартам, увеличить пропускную способность почти на 20 тыс. автомобилей в сутки, сократить время прохождения таможенных формальностей на внешней границе Союзного государства без ущерба качеству и надежности таможенного контроля. В настоящее время стороны готовят предложения по новой союзной программе, мероприятия которой также направлены на дальнейшее обустройство таможенной инфраструктуры.
Реализуется Программа создания Единой автоматизированной информационной системы Таможенного комитета Союзного государства (ЕАИС ТК СГ), которая позволит белорусским и российским таможенным органам обмениваться необходимой информацией в режиме реального времени и реализовывать ее в рамках общего (Союзного) таможенного пространства. Первый этап Программы реализован в период 2003 – 2006 гг.
В настоящее время реализуется второй этап создания ЕАИС ТК СГ - программа Союзного государства «Реализация информационных технологий общих таможенных процессов на территориях государств – участников Союзного государства на 2007 – 2010 годы».